Nejlepší ochranou vodoměru je jeho umístění v nezámrzné hloubce, nebo v místě, které není vystaveno poklesům teploty pod bod mrazu. Je-li vodoměr umístěn venku mimo objekt (ve vodoměrné šachtě) je třeba před začátkem zimy zkontrolovat, zda je šachta dobře uzavřena a poklop dobře dotěsněn. V případě, kdy vodoměr není osazen u dna šachty v tzv. nezámrzné hloubce, doporučujeme poklop opatřit tepelnou izolací (deskový polystyren). I samotný vodoměr je dobré v období mrazů opatřit tepelnou izolací z nenasákavého materiálu. K zateplení vodoměrů nejsou vhodné materiály, které vlhnou (tj. deky či staré textilie). K omotání potrubí i vodoměru doporučujeme použít nenasákavé materiály (např. mirelon, deskový polystyren).
Je-li vodoměr umístěn uvnitř objektu je třeba místo, kde je vodoměr umístěn, nevystavovat nízkým teplotám (zkontrolovat zavřená okna). Vodoměr umístěný v nevytápěném prostoru doporučujeme zajistit tepelnou izolací (mirelon, deskový polystyren).
Použití minerální (skelné) vaty se v žádném případě k ochraně šachty ani vodoměru nedoporučuje.
Není-li objekt přes zimu využíván, doporučujeme uzavřít přívod vody před vodoměrem a potrubí za ním vypustit. Pokud je rozvod opatřen uzávěrem před i za vodoměrem, je vhodné uzávěr za měřidlem ponechat otevřený a celou vodoměrnou sestavu obalit tepelnou izolací.
Zamrznutý vodoměr
V případě, že dojde k zamrznutí vodoměru, nedoporučuje se s ním manipulovat, rozehřívat či provádět pokusy s jeho zprovozněním. Nejrychlejším způsobem, jak obnovit dodávku vody do objektu je zavolat na zákaznickou nebo poruchovou linku a domluvit se na termínu výměny vodoměru. V případě nevhodné (neodborné) manipulace se zamrzlým vodoměrem může dojít k poškození celé vodoměrné sestavy vč. uzávěrů a unikající voda vytopí prostory, v nichž je vodoměr umístěn.